تقوم الهيئة بالدور الرئيسى فى تأمين البيئة المصرية من أخطار التلوث الإشعاعي الذى قد ينتج من أنشطة أو حوادث نووية تؤدى إلى تلوث فى الهواء أو الماء أو التربة أو قد يصدر من المنشآت النووية فى الدول أو الأقاليم المحيطة بمصر أو قد ينشأ من تداول المواد المشعة واسعة الاستخدام فى مصر. وتتوافر لدى الهيئة الكوادر والخبرات الأساسية التى تساهم فى الحفاظ على البيئة من الملوثات الضارة للإنسان والحيوان والنبات وذلك عن طريق
تجميع ونقل النفايات المشعة من المنشآت الطبية ومعامل البحوث بالجامعات والمراكز البحثية بعد تصنيفها وإعدادها للنقل مما يوفر الحماية للعاملين عليها وحماية الجمهور عبر الطرق التى تسلكها. كما تقوم الهيئة بمعالجة هذه النفايات تمهيدا للتخزين الآمن لها
استخدام تقنيات التحليل الإشعاعي للكشف عن الملوثات البيئية السامة والخطرة من المعادن الثقيلة والخفيفة والناتجة عن الصناعات الملوثة للبيئة مثل الحديد والصلب والأسمنت وكذلك الرصاص المنبعث من عادم وقود السيارات وغيرها من ملوثات البيئة
استخدام تكنولوجيا الإشعاع فى عمليات تدوير المخلفات البلاستيكية والاستفادة منها صناعيا
